1978年以来，中国农民多方面的权益得到了保障，但不同时期也存在不同的问题。实施家庭承包经营初期，农民不仅可以从事农业而实现发展，还可以在积极主动参与其中的农村工业化和农村城镇化进程中受益，农民的权益问题不显现。
家庭承包经营普遍实行后，集体经济和统一经营虚化及导致所提供服务的缺失，从解决一家一户生产经营中的困难出发，发展农业社会化服务时存在离集体经济倾向，由此农民生产经营中的权益得不到保障的问题也就逐步突出起来。
在农业产业化经营兴起初期，由于主要是推广“公司+农户”模式，农民分享发展成果的权益难以保障。随着改革的深化，加工贸易企业向“产加销、贸工农一体化”的农业产业化经营方向发展，把计划经济体制下分割了的产业链连接起来，解决了市场取向改革过程中购销服务缺失而发生农民生产的农产品卖难的问题。加工贸易企业抓住这一历史性发展机遇，凭借强于集体经济组织的营销能力优势（在计划经济体制下购销服务由供销社提供，集体经济组织本来就没有涉及购销服务），迅即抢占市场先机和份额，农村集体经济组织也就失去发展农产品加工销售业务的机会和空间。在“公司+农户”模式中，农民的收益权难以得到保障：一方面，由于公司与农户是不同的利益主体，公司处于强势地位，而小规模的农户处于弱势地位，在交易中不可能平等谈判，公司在交易中打压价格购买农民的产品，在产加销、贸工农一体化后还独享加工增值的丰厚收益，而农民难以充分分享发展成果；另一方面，当供严重大于求时，公司拒购农民生产的产品，产品卖不出去，农民的收益权不仅得不到实现，还遭受严重损失。
21世纪以来，农村集体经济组织保障农民权益的功能日益显现。在工业化、城镇化、农业现代化进程中，一些村基于土地集体所有，通过社区集体积累和统筹的集体行动，发展股份合作经济，在农民自愿的情况下，将部分征地款转换成资本、股权，解决了发展集体经济的资本短缺这一瓶颈问题。同时，在城镇化进程中，一些村因发展为城区，村民委员会被撤销，农民变居民而融入到所在社区的居民委员会，也需要通过集体经济组织保障其在集体经济中的权益，其中通过对集体经济组织实行股份合作制改革后，农民变市民时就因为可以持有集体经济组织的股权，使农民的权益得到保障。
从20世纪50年代初期的农民以土地、耕畜、农具等入股的初级社和现阶段各地多种实践探索看，对农村集体经济实施股份合作制改造，既不同于实行家庭承包经营时只注重成员权益，也不同于20世纪90年代乡镇企业的私有化，不是将集体权益和成员权益视为零和博弈逻辑而对立起来，而是通过股权联接和合作社机制，能够把集体权益与成员权益统一起来，并能够把权益保障与发展统一起来，实现1+1＞2。面对社会主义市场经济下市场主体多元化的选择，面对开放的工业化、城镇化进程中成员复杂变化造成其资格确定的困难，对农村集体经济组织实行股份合作制的改革，既要破解确认成员资格难题和完善内部治理机制，还应当为其发展创造良好的外部条件。现阶段，应重点解决以下三个问题。
第一，明确法人地位。农村集体经济组织实行股份合作制改革后，其法人地位不明确，限制了其民事行为能力。农村集体经济组织在成员资格制度、产权制度、管理制度、分配制度等方面有不同于专业合作社的特点应单独立法。鉴于集体经济组织与其他组织的法人地位不对称而严重影响其发展，应加快立法，明确其法人地位，给其一个组织机构代码，使其能够贷款、出具发票等，以保障其具有相应的民事行为能力。可先行制定农村集体经济组织条例，在此基础上制定法律。关于登记，不可一刀切，应根据集体经济组织的实际情况，分别而论，对于从事经营活动的实行工商登记，对于不从事经营活动的，或其经营活动由所属企业经营的，则只需要在有关管理部门登记后，再由技术监督部门给予机构代码即可。
第二，创新支持政策。在将集体经济组织纳入政策支持对象的同时，还应通过集体经济组织实现政府对“三农”实施支持政策的整合，以促进农村经济社会内生发展能力的提升为目标，从而提升农业支持政策的绩效。同时，应探索国家支持集体经济发展的财政资金所形成的资产量化为集体股，以强化集体权能，这既与国家财政资金的属性相吻合，也与很长时期内集体经济组织仍将与政府共同承担提供公共品的功能相匹配。
第三，明确成员资格。实施股份合作制改造后，集体经济组织的成员是明确的，即持有股权者享有成员资格。但是，在对集体经济组织实施股份合作制改革前及改革过程中，成员的确定则较复杂，如果处理不当，将成为影响农村稳定的隐患因素，应稳步推进，可以从条件和程序两方面进行确认。所谓条件确认，就是基于农村集体经济组织是以土地集体所有为基础，从是否拥有承包土地、宅基地等条件加以确认。所谓程序确认，就是基于不能就一些特殊情况作出全国性统一规定，在成员的确认上，需要因社制宜，由集体经济组织章程作出程序性规定，由成员大会确定成员的资格。
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